نسب آیت الله خامنه ای به حضرت سلطان سید محمد که از سادات حسینی است و با چهار واسطه فرزند امام سجاد می شود می رسد . ایشان به دلیل ظلم و جور عباسیان به مناطق مرکزی ایران و تفرش ، آشتیان و فراهان می آیند و از سوی مردم آن مناطق مورد استقبال قرار می گیرند ولی مأموران عباسی در تفرش ایشان را دستگیر و شهید می کنند و هم اکنون مزار ایشان در میقان اراک قرار داد . سید محمد فرزند سید محمدتقی ، فرزند سید میرزا علی ، فرزند سید میرزا اکبر ، فرزند سید فخرالدین از شجره مبارک حضرت سلطان سید محمد است که از تفرش به آذربایجان مسافرت می کنند و در شهر خامنه – 80 کیلومتری شمال غربی تبریز – ساکن می شوند . بعد از وی سید حسین ، فرزند سید محمد در خامنه مشغول هدایت و ارشاد مردم می شود و البته به نجف اشرف سفر می کنند و در آنجا به درس و بحث اشتغال می ورزند . ایشان جد حاج سید علی خامنه ای بودند .